HaloSeeker 2.0 est disponible !

Vous avez été 54 équipes de recherche à utiliser la version originale (Léon et al., 2020). Presque 2 ans après, voici une information qui va vous ravir.

 Nous sommes heureux d’annoncer que la version 2.0 est désormais disponible.

Parmi les nombreuses améliorations ergonomiques et d’optimisation de scripts, les deux nouvelles fonctionnalités majeures attendues depuis longtemps sont :

(i) Les clusters F1 (présentant des profils isotopiques typiques du chlore et du brome) peuvent être appariés selon deux dimensions, d’une part intra-échantillon avec un script inspiré du package CAMERA pour regrouper les fragments et adduits, et d’autre part inter-échantillons avec un script d’alignement. Les « SuperGroups » résultants permettent d’investiguer et d’annoter l’ensemble des signaux d’une molécule le long d’une séquence en une seule fois. Cela ouvre la voie à la fouille réaliste de données acquises par GC-HRMS.

(ii) La soustraction de blancs de procédure selon diverses règles pour l’affichage des données sur le graphique interactif, pour lequel les axes sont désormais flexibles.

 

HaloSeeker est un logiciel libre sous R, développé avec le framework Shiny, pour le traitement, la visualisation, l’analyse et l’annotation post-acquisition de signaux de molécules halogénées (chlore et/ou brome) dans des jeux de données de spectrométrie de masse haute résolution (HRMS). HaloSeeker 2.0 est disponible gratuitement, sous licence GPLv3 et sur demande à contact.haloseeker(at)oniris-nantes.fr. HaloSeeker 2.0 se présente sous forme d’un fichier exécutable de 338 Mo et fonctionne sans droits administrateurs ni compétences en programmation.

 

Nous espérons sincèrement que HaloSeeker 2.0 sera utile à la communauté scientifique de l’analyse non-ciblée.

 

Pour l’équipe de recherche du LABERCA,

Ronan CARIOU et Sébastien HUTINET.