GC-MS/MS
Présentation
Qui sommes-nous ?
La plateforme MELISA (MEtabolomics LIpidomics Steroidomics Analysis), met à disposition son savoir-faire et ses instruments au service de la communauté des chercheurs et des industriels. Ses équipements variés et performants de spectrométrie de masse (basse ou haute résolution, multidimensionnelle ou isotopique) couplés à toute forme de chromatographies (phases gazeuse, liquide) répondent aux nombreuses sollicitations de la communauté. La plateforme MELISA intègre des activités liées à l’analyse structurale, au dosage et à l’analyse métabolomique. Son expertise en bioinformatique lui permet de développer ses propres applications facilitant, par exemple, le retraitement des données issues d'analyses ciblées ou non ciblées. De plus, de par son historique, le Laberca possède une expertise dans le domaine de la stéroïdomique.
La plateforme est membre de l’infrastructure nationale en métabolomique et fluxomique MetaboHUB ainsi que de la composante "Analyses structurale et métabolomique" (Corsaire) du réseau Biogenouest.
Le développement de la plateforme MELISA du LABERCA est en partie cofinancé par l'Union européenne. L’Europe s'engage en Pays de la Loire avec le Fonds européen de développement régional.
Offre de services
Nous mettons l'expertise et les forces technologiques de la plateforme au service de projets académiques et privés.
Les prestations proposées :
La plateforme fournit des installations et de l'expertise pour :
- La conception, la réalisation, l’interprétation de données et la valorisation des résultats (collaboration ou service)
- Le traitement avancé des données et analyse de données grâce à des outils bio-informatiques et statistiques dédiés
- La réalisation de dosages à façon
- La formation individuelle et collective en analyse spectrométrique et métabolomique, à la fois théorique et pratique
- L'accueil de stagiaires
Les développements
Outre ses activités de prestations de service, la plateforme poursuit ses développements méthodologiques autour des innovations technologiques, de l'évaluation et la mise en œuvre de nouvelles technologies mais également autour de l'étape de traitement des données avec l’aide de la cellule Appui Technique et Innovation du LABERCA.
Assurance Qualité
La conception, la conduite et la réalisation de projets d’analyses métabolomiques sont menées en conformité avec la norme ISO 9001 : 2015. La certification est délivrée par INTERTEK. En 2018, la PF-MELISA a été labélisée IBISA (GIS Infrastructures en Biologie Santé et Agronomie). Depuis 2023, la plateforme est également labélisée *ISC* (Infrastructures Scientifiques Collectives) INRAE.
Instrumentation
La plateforme MELISA ouvre l’accès à l’ensemble de son parc analytique pour répondre à des demandes extérieures aussi variées que le dosage de traces, le profilage métabolique ou encore l’élucidation structurale de biomarqueurs d’exposition ou d’effet. Ces investigations sont basées sur l’étude de spectres de masse MS/MS et la compréhension des fragmentations, la lecture et l’interprétation des masses exactes, les rapports isotopiques grâce aux informations fournies par les technologies MS, HRMS, MS/MS, MSn, IRMS et EA.
Communication/Publications
La PF-MELISA est fortement impliquée dans les enseignements de plusieurs Masters des universités de Nantes et de Rennes et participe régulièrement à des activités de formation initiale ou professionnelle.
La plateforme est identifiée dans le cadre du Réseau francophone de métabolomique et de fluxomique (RFMF) et est particulièrement impliquée dans la dynamisation de la communauté métabolomique française à travers cette société savante et les dernières innovations comme les écoles chercheurs internationales (https://workflow4metabolomics.org/events).
Publications clé de la plateforme
- Colas L, Royer A-L, Massias J, Raux A, Chesneau M, Kerleau C, Guerif P, Giral M, Guitton Y and Brouard S. Urinary metabolomic profiling from spontaneous tolerant kidney transplanted recipients shows enrichment in tryptophan-derived metabolites. 2022. https://doi.org/10.1016/j. ebiom.2022.103844
- Amegan Missinou A, Ferreira de Carvalho J, Marnet N, Delhaye T, Hamzaoui O, Abdel Sayed D, Guitton Y, Lebreton L, Langrume C, Laperche A, Delourme R, J Manzanares-Dauleux M, Bouchereau A, Gravot A. Identification and Quantification of Glucosinolates and Phenolics in a Large Panel of Brassica napus Highlight Valuable Genetic Resources for Chemical Ecology and Breeding. 2022. https://doi.org/10.1021/acs.jafc.1c08118
- A. Aksenov A, , Laponogov I, Zhang Z, LF Doran S, Belluomo I, Veselkov D, Bittremieux W, Felix Nothias L, Nothias-Esposito M, N. Maloney K, B. Misra B, V. Melnik A, L. Jones II K, Dorrestein K, Panitchpakdi M, Ernst M, J.J. van der Hooft J, Gonzalez M, Carazzone C, Amézquita A, Callewaert C, Morton J, Quinn R, Bouslimani A, Albarracín Orio A, Petras D, M. Smania A, P. Couvillion S, C. Burnet M, D. Nicora C, Zink E, O. Metz T, Artaev V, Humston-Fulmer E, Gregor R, M. Meijler M, Mizrahi I, Eyal S, Anderson B, Dutton R, Lugan R, Le Boulch P, Guitton Y, Prevost S, Poirier A, Dervilly G, Le Bizec B, Fait A, Sikron Persi N, Song C, Gashu K, Coras R, Guma M, Manasson J, U. Scher J, Barupal D, Alseekh S, Fernie A, Mirnezami R, Vasiliou V, Schmid R, S. Borisov R, N. Kulikova L, Knight R, Wang M, B Hanna G, C. Dorrestein P and Veselkov K. Algorithmic Learning for Auto-deconvolution of GC-MS Data to Enable Molecular Networking within GNPS. 2020. https://doi.org/10.1101/2020.01.13.905091
- Narduzzi L, Royer AL, Bichon E, Guitton Y, Buisson C, Le Bizec B, Dervilly-Pinel G. Ammonium Fluoride as Suitable Additive for HILIC-Based LC-HRMS Metabolomics. 2019. https://doi.org/10.3390/metabo9120292
- Léon A, Cariou R, Hutinet S, Hurel J, Guitton Y, Tixier C, Munschy C, Antignac JP, Dervilly-Pinel G, Le Bizec B. HaloSeeker 1.0: A User-Friendly Software to Highlight Halogenated Chemicals in Nontargeted High-Resolution Mass Spectrometry Data Sets. 2019. https://doi.org/10.1021/acs.analchem.8b05103
- Cano-Sancho G, Alexandre-Gouabau MC, Moyon T, Royer AL, Guitton Y, Billard H, Darmaun D, Rozé JC, Boquien CY, Le Bizec B, Antignac JP. Simultaneous exploration of nutrients and pollutants in human milk and their impact on preterm infant growth: An integrative cross-platform approach. 2019. https://doi.org/10.1016/j.envres.2019.109018
- Borgsmüller N, Gloaguen Y, Opialla T, Blanc E, Sicard E, Royer AL, Le Bizec B, Durand S, Migné C, Pétéra M, Pujos-Guillot E, Giacomoni F, Guitton Y, Beule D5, Kirwan J. WiPP: Workflow for Improved Peak Picking for Gas Chromatography-Mass Spectrometry (GC-MS) Data. 2019. https://doi.org/10.3390/metabo9090171
- Alexandre-Gouabau, M.-C.; Moyon, T.; Cariou, V.; Antignac, J.-P.; Qannari, E. M.; Croyal, M.; Molamine, M.; Guitton, Y.; David-Sochard, A.; Billard, H.; et al. Breast Milk Lipidome Is Associated with Early Growth Trajectory in Preterm Infants. 2017. https://doi.org/10.20944/preprints201712.0068.v1.
- Guitton, Y.; Tremblay-Franco, M.; Le Corguillé, G.; Martin, J.-F.; Pétéra, M.; Roger-Mele, P.; Delabrière, A.; Goulitquer, S.; Monsoor, M.; Duperier, C.; et al. Create, Run, Share, Publish, and Reference Your LC–MS, FIA–MS, GC–MS, and NMR Data Analysis Workflows with Workflow4Metabolomics 3.0, the Galaxy Online Infrastructure for Metabolomics. The International Journal of Biochemistry & Cell Biology. 2017. https://doi.org/10.1016/j.biocel.2017.07.002
- Marchand, J.; Martineau, E.; Guitton, Y.; Dervilly-Pinel, G.; Giraudeau, P. Multidimensional NMR Approaches towards Highly Resolved, Sensitive and High-Throughput Quantitative Metabolomics. Current Opinion in Biotechnology 2017, 43, 49–55. 2017. https://doi.org/10.1016/j.copbio.2016.08.004
- Peng, T.; Royer, A.-L.; Guitton, Y.; Bizec, B. L.; Dervilly-Pinel, G. Serum-Based Metabolomics Characterization of Pigs Treated with Ractopamine. Metabolomics 2017, 13 (6), 77. 2017. https://doi.org/10.1007/s11306-017-1212-0
Membres de l'équipe/Contact
Référent
Yann GUITTON
Responsable de la plateforme MELISA
Membres de l'équipe
Anne-Lise Royer (Adjointe)
Julien Saint-Vanne
Lauriane Rambaud
Louise Boissin
Axel Raux